Lietuvos archeologijos draugija buvo įsteigta 1989 m. sausio mėn. 11 d. Tuomet, Steigiamojo susirinkimo metu, tikraisiais LAD nariais užsirašė 78 asmenys. Iš viso šiai dienai yra išduota 210 LAD narių pažymėjimų, tačiau draugijos veikloje aktyviai dalyvauja apie 100 jos narių.
LAD Tarybai pirmininkavo: 1989-1995 m. – prof. M. Michelbertas, 1995-2001 m. – dr. A. Kuncevičius, 2001-2003 m. – prof. V. Žulkus, 2003-2005 m. – dr. V. Šimėnas, 2005-2012 m. – Zenonas Baubonis, 2012-2016 m. – dr. Vykintas Vaitkevičius, nuo 2016 metų pirmininkauja Agnė Žilinskaitė.

Lietuvos archeologijos draugija vienija ir koordinuoja Lietuvos archeologų, visuomenės atstovų pastangas saugoti, tirti bei propaguoti Lietuvos archeologijos paveldą. Draugija remia mokslinius tiriamuosius darbus, aktyviai prisideda ir organizuoja respublikines ir tarptautines mokslines, metodines konferencijas, mokslinius seminarus, skatina archeologinių tyrimų metodų tobulinimą, prisideda prie archeologijos paveldo apsaugos įstatymų, instrukcijų, metodinių nurodymų vykdymo ir tobulinimo. Taip pat įtraukia besimokantį jaunimą į archeologijos darbą, stengiasi ugdyti jų praktines žinias ir teorinės veiklos įgūdžius. Draugija skelbia mokslinio tyrimo rezultatus, kuria leidinius bei internetines duomenų bazes, populiarinančius archeologijos mokslą ir suteikiančius galimybę mokslininkams, studentams ir besidomintiems lengvai pasiekti informaciją apie archeologijos paveldą bei ją analizuoti.

Draugijos iniciatyva 1989-2006 m. vyko J. Puzino, E. Tiškevičiaus, E. Volterio, Vl. Nagevičiaus, M. Gimbutienės, F. Pokrovskio, archeologų, kurie įnešė žymų indėlį į Lietuvos archeologijos mokslą, gimimo arba mirties metinių minėjimai. Nuo 2008 m. kartu su Lietuvos nacionaliniu muziejumi pradėtas rengti ciklas “Lietuvos archeologijos istorijos vakarai”. Paminėti J. Žiogo, V. Kaširskio, L. Kšivickio jubiliejai. Reguliariai tvarkoma J. Puzino tėviškės vieta Svaronių kaime, Ukmergės raj.

Draugija nemažai prisidėjo organizuojant visą eilę mokslinių konferencijų, seminarų ir paskaitų: 1995 m. seminarai ”Naujos hipotezės apie Baltų kilmę” ir “Feodalinių miestų raida Lietuvoje”, 1996 m. tarptautinė mokslinė konferencija “Vakarų Norvegijos ir Lietuvos aktualūs archeologijos uždaviniai”, 1999 m. Vienos Universiteto profesoriaus archeologo A. Liperto paskaita Vilniaus Universitete, 2001 m. konferencijos tarptautinė mokslinė konferencija “Castela Maris Baltici VI” ir tarptautinis seminaras studentams “Archeologija ir Aerofotografija”, 2004 m., Vilniaus Universitete Archeologijos centre įvykęs seminarų ciklas archeologijos teorijos klausimais.

LAD savo lėšomis parėmė P. Tarasenkos knygos “Užnemunės piliakalniai” publikaciją, reprezentacinio pobūdžio leidinį “Lithuanian Archaeology: Investigations and Findings”, archeologo A. Lisankos eilėraščių knygą “Ilgesio daina”. Draugijos iniciatyva Vilniaus universitete buvo parengta archeologinių radinių restauravimo metodikos dėstymo studentams programa. Nuo 2006 m. LAD leidžia kasmetinį mokslinį informacinį leidinį “Archeologiniai tyrinėjimai Lietuvoje”. 2007-2008 m. parengtos internetinės duomenų bazės “Lietuvos archeologų žinynas”, “Lietuvos piliakalniai”, “Lietuvos gynybiniai įtvirtinimai”, “Archeologiniai tyrinėjimai Lietuvoje”.

Prie archeologijos mokslo populiarinimo visuomenėje nemažai prisidėjo LAD organizuotos “Lietuvos dienos” Biskupine, Lenkijoje 1998 m. bei 2003-2009 m. Lietuvos nacionaliniame muziejuje Vilniuje vykstantys paskaitų ciklai plačiajai visuomenei “Vakarai su Marija Gimbutiene”. Draugija tarpininkavo organizuojant visą eilę archeologinių jaunimo ir gyvosios archeologijos vasaros stovyklų.

Kalbant apie ryšius su analogiškomis užsienio draugijomis, būtina paminėti puikų Lietuvos ir Latvijos archeologų bendradarbiavimą. Abiejų draugijų narių susitikimai įvyko 2000 m. Lietuvoje ir 2003 m. Latvijoje.

Nuo 2006 m. LAD organizuoja tarptautines mokslines konferencijas: 2006 m. – „Leidiniui „Archeologiniai tyrinėjimai Lietuvoje“ – 40 metų“; 2007-2008 m. – „Naujausi archeologiniai tyrinėjimai Lietuvoje“; 2008 m. – „Archeologinių tyrimų metodai“; 2009-2011 m. – „Naujausi archeologiniai tyrinėjimai”, “Povandeninė archeologija Baltijos regione: iššūkiai ir perspektyvos”. Šios konferencijos ženkliai prisidėjo prie ryšių su kolegomis iš užsienio, ypač Latvijos, Estijos, Baltarusijos, Kaliningrado srities, Lenkijos, palaikymo.

Pastarąjį dešimtmetį LAD aktyviai dalyvavo visuomenėje vykusiose diskusijose, pareiškė savo nuomonę ir teikė pasiūlymus dėl Lietuvos paminklosaugos institucijų reformos, valstybinio rezervato kūrimo Vilniaus pilių teritorijoje, dėl Lietuvos vardo tūkstantmečio paminėjimo, Valdovų rūmų atstatymo, naujojo kultūros vertybių apsaugos įstatymo priėmimo ir kt. klausimais. Šiuo metu keli LAD nariai dirba Valstybinėje paminklosaugos komisijoje.